國民黨智庫、藍委對於花東三法未形成共識，國民黨立院黨團總召傅崐萁仍一再強調花東交通三法是BOT案，不斷表達這是「政府零出資」BOT案，由國內廠商或國外廠商來做，並舉例台灣高鐵就是政府零出資的BOT案。
但是台灣高鐵真的是政府零出資嗎？根據前總統馬英九政府的六位監察委員（陳委員永祥、洪委員德旋、劉委員玉山、馬委員秀如、黃委員武次、李委員炳南） 2009 年的監察院報告就提及「雖曾號稱政府零出資，政府卻持續出資、持續挹注、且持續認賠中」。
監察報告指出，高鐵公司預計籌資1,038億元，其中核心成員出資529億元，占資本額51%，且承諾未來若向外籌資不足時，仍由渠補足。然高鐵公司2009 年6月實際原始發起人目前僅投資294.627億元，僅占高鐵公司實收資本額之27.9%，尚遠低於政府泛公股之投資額度394億餘元（持股比例37.4％）。
監察院報告進一步表示，因高鐵合約中並未將其投資計畫之自籌資金部分明文納入，爰高鐵公司自始無意願出資，政府迫於無奈，反持續出資、持續挹注、且持續認賠中，報告更揭露，高鐵公司遲遲未能取得融資，完成資金到位，交通部竟未沒收履約保證金，反簽訂三方契約備忘錄，由政府作出融資保證，倍增政府整體財務風險，所謂台灣高鐵BOT案「政府零出資」之真相，卻反為，政府持續出資、持續挹注。
知情人士表示，台灣高鐵五大股東原承諾投資500億元，只投入294.627億元，即無意願再增資，但因為民進黨時期良好的政商關係，政府週邊機構如公營行庫，中鋼、航發會、台糖、中技社、國發基金，陸續投資381億元，結果政府零補貼變成政府投資加政府保證銀行貸款，高佔台灣高鐵投資總額的61%。
國家政策研究基金會（國民黨智庫）也曾撰文抨擊台灣高鐵BOT案，內文指出2005年9月，台灣高鐵以工程進度延誤為由，宣布延後通車一年。而根據合約，高鐵必須完成75億元特別股募集，惟由於原始股東無力募集，再度求助於政府。時任行政院院長謝長廷表示：「政府不一定要買下高鐵，但可以成為最大股東」，並在行政院主導下，中華航空發展基金會與中國技術服務社分別出資45億與30億投入高鐵。
國民黨智庫也揶揄，政府從0出資，並可以拿到1057億回饋金的標案中，變成出資超過400億，還連帶保證高達2800億債務，這是高鐵給台灣的教訓。
